Мы видели главных деятелей при уничтожении Нантского эдикта, но не упоминали о внушениях из Рима, от главы католицизма, который должен был более всех радоваться расширению своей паствы чрез обращение французских еретиков. Папа показывал радость, но поневоле, потому что был в ссоре с Людовиком и большинством французского духовенства. Великий король, требуя, чтоб подданные не разнились с ним в вероисповедании, с другой стороны, естественно, не хотел, чтоб они в деле религии слишком часто обращали взоры на другого владыку, царствовавшего за Альпами, в Риме. Кольбер и Боссюэ, так расходившиеся во взглядах относительно протестантов, действовали заодно относительно ограничения папского влияния на дела Французской Церкви. Дело началось ученою богословскою борьбою: парижский богословский факультет отвергал непогрешимость папы, признавал власть собора выше папской, требовал независимости светской власти от духовной, утверждал, что папа не имеет права произвольно низлагать епископов; в Риме, разумеется, эти положения подвергались запрещению. Но скоро дело перешло на практическую почву: в большинстве французских епархий по смерти епископа король имел право собирать доходы и распоряжаться бенефициями до тех пор, пока присяга в верности нового епископа не будет заявлена в Счетной Палате. Четыре большие южные провинции были изъяты из этого права, но Людовик XIV отменил изъятие. Тогда двое из южных епископов протестовали против новизны и перенесли дело к папе. Папа Иннокентий XI вступился за епископов и отправил к королю два сильных послания против пагубных советов его министров. Людовик не обратил внимания на два послания, папа прислал третье с угрозою отлучения. Церковный собор, созванный в 1680 году, написал королю, что скорбит о таком поступке папы, и прямо протестовал против бесцельных предприятий святого престола.
Борьба началась: папа отлучал духовенство, повиновавшееся новым королевским распоряжениям; парижский парламент, называя папские указы пасквилями, писал, что просвещение людей, угрожаемых отлучениями, обеспечивает их от папских перунов, гремящих по-пустому в продолжение веков. Умы сильно волновались: одни имели в виду поддержать национальную независимость, другие – избавиться от тяжелых повинностей относительно Рима; иные с жаром бросились на безнаказанную борьбу с духовною властью уже и потому, что борьба со всякою другою властью не могла быть безнаказанна; школьники обрадовались случаю пошуметь против учителя, зная, что инспектор, сердитый на учителя, не накажет их, а, пожалуй, еще и наградит. Янсенисты думали, что Церковь не выиграет от освобождения от Рима, т. е. от подчинения Версалю, и стояли за папу; но другие толковали о необходимости совершенного отделения от Рима, о необходимости французского патриаршества. Боссюэ явился примирителем, указывая средний путь между ультрамонтанством и совершенным отделением от Рима; он имел в виду главного врага Церкви – неверие и сдерживал рьяных противников Рима указанием на вольнодумцев, гоняющихся за обманчивою прелестью новизны.