После победы над Данией между обеими союзными державами начались пререкания из-за управления захваченными герцогствами и их будущей судьбы, а также из-за преобразования союзного устройства Германии, вопрос о котором к этому времени настоятельно требовал своего решения. Готовясь к войне с Австрией, Бисмарк заключил союз с Италией и поманил Наполеона III надеждою на вознаграждение Франции территориальною уступкою на левом берегу Рейна, поостерегшись, однако, дать на этот счет сколько-нибудь положительные обещания. Со стороны русского правительства, которому Пруссия помогла подавить польское восстание 1863 г., Бисмарк тоже ничего не опасался. После этого прусский корпус занял Гольштейн, бывший в управлении Австрии, а уполномоченный Пруссии в союзном сейме предъявил требование своего правительства преобразовать Германию в новый союз, из которого Австрия была бы совсем исключена. Это требование не только не встретило сочувствия в других немецких правительствах, но прямо заставило их стать на сторону Австрии. Пруссия предупредила, однако, соединение неприятельских армий, разбивши их поодиночке, главные же её силы нанесли австрийцам страшное поражение при Садовой (или Кениггреце) в Чехии. Одной из причин военных успехов Пруссии было лучшее вооружение её войска («игольчатые ружья»). После Садовой Австрия была неспособна вести дальнейшую войну; и ее даже очень мало вознаграждали победы, одержанные между тем над итальянцами (Кустоцца, Лисса). Никто не ожидал столь быстрого окончания войны, и такого торжества Пруссии. Менее всего ожидал этого Наполеон III, думавший, что война затянется, что обе стороны обессилят одна другую и что тогда ему останется только вмешаться со свежими силами в эту распрю и продиктовать обеим свои условия мира. Желая предупредить такой оборот дела, Бисмарк поспешил заключить с Австрией мир (в Праге). За свое поражение Австрия заплатила потерей Венецианской области, уступленной Наполеону III для передачи Италии, и исключением из состава Германского союза, который был объявлен вместе с тем упраздненным (1866).