Правительство США объявило виновником терактов 11 сентября 2001 года мусульманскую террористическую группу Аль-Каиду. Президент Джордж Буш объявил, что в ответ он начнёт «войну против терроризма». Главной её целью ставилась энергичная борьба за устранение самих условий совершения новых терактов. Буш реорганизовал американское правительство. Система безопасности и контроля в общественных местах, особенно в аэропортах, была усилена. Американцам стали каждый день объявлять об оценке существующей степени угрозы терроризма. Для этого была введена особая «цветовая шкала»: красный цвет обозначал высокий риск терактов, зеленый – низкий, а «промежуточные» цвета – различные градации «среднего».
Кампания Буша вскоре вылилась и в настоящие войны. Лидер Аль-Каиды, Усама бен Ладен, находился тогда в Исламском Эмирате Афганистан. Соединенные Штаты потребовали, чтобы правители Афганистана, так называемые талибы, выдали бен Ладена. Талибы не сделали этого. Лидер талибов мулла Мухаммед Омар, потребовал от США доказательств причастности Усамы к терактам. Президент США Джордж Буш заявил, что у него нет нужды представлять доказательства, раз Аль-Каида сама взяла на себя ответственность за совершённое. Соединенные Штаты начали войну против Афганистана. Талибы были отстранены от власти, заменены новым правительством. Население Афганистана избрало себе нового президента.
В ходе всех этих событий изменилась структура правительства США. Министерство транспорта США (DOT) создало Управление транспортной безопасности (TSA). До терактов 11 сентября о безопасности в американских аэропортах заботились сами авиакомпании. После образования TSA эту функцию взяло на себя правительство. Сотрудникам TSA было поручено работать в аэропортах и летать на самолетах для обеспечения контроля. TSA также стало обеспечивать безопасность на американских поездах и в метро. Затем было создано новое Министерство внутренней безопасности США, в чьё ведение из Министерства транспорта перешло и TSA.
После победы над талибами президент Джордж Буш решил вторгнуться в Ирак. Он уверял, что Ирак помогает террористическим группировкам, в том числе Аль-Каиде. Буш настаивал, что имеются доказательства наличия у Ирака оружия массового уничтожения. Госсекретарь Колин Пауэлл был направлен в ООН представить некоторые из этих доказательств. В марте 2003 года Соединенные Штаты начали вторжение в Ирак. К ним присоединились ещё четыре страны: Великобритания, Австралия, Польша и Дания. Президент Ирака Саддам Хусейн был свергнут, и в стране избрали новое правительство. Однако оружия массового поражения найдено не было.
2 мая 2011 подразделение «Морских котиков» ВМС США ликвидировало лидера Аль-Каиды Усаму бен Ладена, который возглавлял теракты 11 сентября 2001, и не только их.
Группировки Аль-Каида и Талибан признаны в РФ террористическими и запрещены законом.