Мюнцер погиб; но в Швейцарии, именно в Цюрихе, явился реформатор Цвингли, который, хотя не дошел до крайностей Мюнцера, но шел дальше Лютера, отвергая таинство Евхаристии и уничтожая в церквах изображения святых, кресты, свечи, алтари и органы. Завязался сильный спор между Лютером и Цвингли за отвержение последним таинства Евхаристии, ибо Лютер, хотя отвергал пресуществление, но признавал таинственное присутствие Христа при священнодействии, тогда как Цвингли слова Христа: «Сие есть тело мое» переводил: «Сие знаменует тело мое». Лютер объявил, что учение Цвингли происходит от дьявола. Цвингли впоследствии погиб в междоусобной войне между швейцарскими кантонами, он пал в сражении при Каппеле в 1529 году.
Между тем реформа распространялась преимущественно в Северной Германии; Иоанн Фридрих, курфюрст Саксонский, Альбрехт, маркграф Бранденбургский, и Филипп, ландграф Гессенский, и другие менее значительные князья приняли реформу; церковные имущества конфисковались в их владениях; связь с Римом была порвана; чрез уничтожение таинства священства духовенство лишилось прежнего своего значения и подчинилось светской власти; для надзора за ним и поставления явились деканы, суперинтенданты (кой-где удержавшие название епископов) и консистории. Другие германские князья, преимущественно в Южной Германии, остались верны католицизму. На сейме в Шпейере (1529) большинство оказалось за ними, и они постановили, что реформа не должна иметь нигде дальнейшего распространения. Тогда часть Саксонии (Кур-Саксония, т. е. находившаяся под властию курфюрста), Гессен, Люнебург, Ангальт, маркграф Бранденбургский и 14 имперских городов подали протест против постановления Шпейерского сейма; от этого протеста последователи реформы получили название протестантов.
Протестанты хотели составить союз для защиты своего дела против католиков; но им мешала рознь между последователями Лютера и Цвингли. Филипп, ландграф Гессенский, хотел помирить реформаторов и пригласил обоих, Лютера и Цвингли, в Марбург на публичную беседу, которая кончилась, однако, ничем: реформаторы не согласились относительно Евхаристии. Вследствие этого разошлись, ничего не постановивши о союзе, два собрания протестантов; на третье, в Нюренберге, не явились депутаты многих городов, потому что города эти не хотели подчиниться мнению Лютера об Евхаристии, на принятии которого настаивал курфюрст Саксонский. В 1530 году император созвал сейм в Аугсбурге для решения религиозного вопроса. Протестанты представили свое исповедание веры, написанное Меланхтоном и утвержденное Лютером; католики написали возражения; назначены были конференции для соглашений между обеими сторонами, но не повели ни к чему; протестанты оставили сейм, не дожидаясь решения, которое не могло быть для них благоприятно; сейм постановил, что все должно быть возвращено в прежнее состояние под страхом жестокого наказания ослушникам. Постановление это должно было иметь следствием междоусобную войну; протестантские князья заключили в Шмалькальдене (1531) оборонительный союз на случай нападения со стороны католиков, но этого нападения не последовало, потому что у католических князей было мало охоты к междоусобной войне, и, кроме того, страшные враги – турки – грозили империи. Император счел за нужное заключить перемирие с протестантами; оно было заключено в 1532 году на 12 лет в Нюренберге, почему и носит название Нюренбергского религиозного мира, по этому миру ни одна из сторон под предлогом веры не должна была нападать на другую до собора или до нового сеймового решения.
Во время этого перемирия протестантизм не переставал обнаруживать больные места; кроме ссоры между лютеранами и цвинглианами продолжало высказываться и крайнее направление реформы. Анабаптистский писатель Себастиан Франке высказывал, что нет греха перед Богом, ибо что считается грехом перед людьми, то не грех перед Богом, что Бог присутствует в растениях, животных и во всем существующем, что Христу нельзя приписывать какой-нибудь особенной божественности, кроме той, которая присуща всем великим людям.
После смерти Мюнцера анабаптисты, жестоко преследуемые в Германии, нашли убежище и последователей в Нидерландах. Прогнанные наконец и отсюда, они перешли в Вестфалию и утвердились в Мюнстере под предводительством своих апостолов, булочника Яна Матисона и портного Яна Бокольда из Лейдена, которые хвалились, что находятся под непосредственным наитием Святого Духа. Бокольд [Иоанн Лейденский] воцарился в Новом Сионе (как был назван Мюнстер); имение было роздано поровну между всеми жителями, все книги, какие только нашлись в городе, были сожжены; Бокольд, царь Нового Израиля [Мюнстерской коммуны], взял себе 14 жен по примеру Соломона. Лютер, Меланхтон и другие протестантские богословы тщетно старались сочинениями своими обратить своих собратий, которые быстро скатились с верхушки горы к подошве, тогда как богословы спускались с той же самой горы, только тормозя. Князья употребили светское оружие против анабаптистов; в 1535 году Мюнстер был взят с страшным кровопролитием с обеих сторон; Бокольда постигла участь Мюнцера; во всех областях Германии анабаптистам определена была смертная казнь; один Филипп, ландграф Гессенский, не позволял казнить людей за то только, что они анабаптисты; но Лютер был очень недоволен такою снисходительностию.
Протестанты воспользовались продолжительным отсутствием императора, его борьбою с Франциею, чтоб усилить свой Шмалькальденский союз, во главе которого стояли Иоанн Фридрих, курфюрст Саксонский (преемник Фридриха Мудрого), и Филипп, ландграф Гессенский. Император постарался противопоставить протестантскому союзу католический, который составился в 1538 году в Нюренберге из архиепископов майнцского и зальцбургского, герцога Баварского, герцога Георга Саксонского и Генриха Брауншвейгского: союз принял название Священного.
В 1541 году была опять в Вормсе беседа между католическими и протестантскими богословами для соглашения в спорных пунктах и кончилась ничем; а между тем борьба между католическими и протестантскими князьями Германии разгоралась, причем протестанты не обращали никакого внимания на императорские решения; религиозная борьба имела следствием то, что, когда турки из Венгрии грозили Вене, то империя могла выставить ничтожное войско, нуждавшееся в деньгах и жизненных припасах; для войны с французами сейм также дал императору ничтожную помощь людьми и деньгами. Лютер усиливал ожесточение, напечатавши книгу «Против римского папства, установленного дьяволом».
